由於核能電廠發電機運轉時需要抽取大量的海水作為冷卻水,而有溫排水的排放,所以對電廠周遭海域的生態可能會有不同程度的衝擊。行政院原子能委員會(與台電公司贊助)自63年起即對北部核能電廠附近海域展開長期的生態調查作業(85年7月起由台電公司承辦),北部的核一廠及核二廠雖然從運轉前開始調查迄今已40餘年,但由於影響海域生態變遷的自然與人為因素甚多,且錯綜複雜,故需要長期的監測與資料分析才能做出客觀正確的結論,並研擬預防及改善之道,供未來興建新機組之參考。
本計畫63年起由開始委託中央研究院國際環境科學委員會中國委員會(環科會)進行長期調查與研究工作,87年9月改由國立臺灣海洋大學承辦,其項目包括: