在台灣由於核能電廠之規劃位置都鄰近於海岸旁，發電機運轉時仰賴抽取大量的海水作為冷卻運轉的媒介，持續且大量的溫排水，將可能對於電廠周遭海域生態環境中各種非生物與生物因子產生不同程度的衝擊。北部的核一及核二廠雖然從運轉前開始調查迄今約 40年，但由於影響海域生態變遷的自然與人為因素甚多，錯綜複雜，故需要長期的監測與資料分析才能做出客觀正確的結論，並研擬預防及改善之道，供未來興建新機組之參考。

過去新聞報導相關溫排水將造成畸形魚或偶發性魚群死亡、南部核能電廠外海域珊瑚白化等事件，造成民眾對核電廠有所疑懼，核能電廠對於附近海域生態環境的長期監測並提出安全無虞的運轉成績讓民眾安心是必要性的。目前電廠之監測最重要的工作是各種專業分析結果的整合，將監測研究的工作水準提升，以強化研究結果公信力的建立。 目前本研究團隊已將北部核電廠附近海域的調查與研究成果投稿於海洋學刊（ Journal of Marine Science and Technology ），並擬與南部核電廠附近海域的調查與研究成果彙集成一本專刊，以供學術界與全國民眾參考。

為了落實上述目標，未來我們將逐步的把過去監測所獲得的結果，發表於有公信力之學術期刊，以達成監測與分析之結果公開化。如此，監測與分析的結果除了增加對海域生態之瞭解外，更進一步將成果貢獻於學術界。

本全面性計畫的調查項目涵括了 (一)海流、(二)水文水質、(三)植物性浮游生物、(四)動物性浮游生物、(五)底棲動物與沉積物調查、(六)魚類、(七)放射核種監測、(八)計畫彙整及網站建置等等諸多完整的配置工作項目，調查的結果可以作為核一及核二廠附近海域生態環境影響之評估。